Код:
<script language="JavaScript">
var str = new String(document.getElementById("navpm").innerHTML)
var str2 = new String(document.location)

if( (str.indexOf("(") != -1) && (str2.indexOf("messages.php") == -1) )
{
alert("У Вас есть непрочитанные личные сообщения")

}
</script>

<script language="JavaScript">
var str = new String(document.getElementById("navpm").innerHTML)
var str2 = new String(document.location)

if( (str.indexOf("(") != -1) && (str2.indexOf("messages.php") == -1) )
{
alert("У Вас есть непрочитанные личные сообщения")

}
</script>

"У вас есть новые личные сообщения" можете заменить это слово на своё
Ставить в нтмл-верх